Kerusuhan ambon, yang mana ketika itu dia menjadi presiden ri menyatakan bahwa tidak ada pembantaian muslim di ambon, yang mana dia menyatakan bahwa korban dari pihak islam hanyalah 3 - 5 orang dan pihak dari kristen adalah lebih dari 3000 orang, yang mana secara tidak langsung justru menyatakan bahwa islamlah yang membantai kristen di ambon padahal kejadian yg sesungguhnya adalah kebalikannya.
Gus dur hendak merubah hadist yang menyuruh umat islam untuk saling memberi salam dengan ucapan assalamu'alaikum dengan disuruh gus dur dirubah menjadi selamat siang, selamat malam, selamat pagi, dst.
Ketika di indonesia ribut ribut soal kandungan babi di dalam bumbu penyedap masakan merek ajinomoto, yang memang diakui oleh produsen ajinomoto mempergunakan enzim hati babi dalam pembuatan produknya. gus dur menyatakan bahwa produk tersebut adalah halal.
Ketika gus dur menjadi presiden indonesia, gus dur hendak membuka hubungan diplomatik dengan israel & Gus dur berhasil membuka hubungan dagang langsung indonesia dengan pembantai umat islam (israel) pada masa pemerintahannya.
Ketika semua ulama di seluruh indonesia mengecam goyang inul - goyang ngebor, sebagai goyang yang porno, gus dur justru membela inul.
Gus dur menyatakan bahwa Al - Qur'an adalah kitab suci yang PORNO, hanya dengan dalil bahwa ada ayat Qur'an yang berbunyi kira-kira: "sempurnakanlah kamu menyusui bayimu hingga 2 tahun", yang mana di tafsir oleh Gus dur itu berarti memamerkan payudara perempuan, dan itu berarti Al ~ Qur'an adalah kitab suci yang porno.
Kini MUI dan semua ulama se indonesia sepakat bahwa Ahmadiyah adalah sesat, justru Gus dur membela Ahmadiyah.
Ketika semua umat islam mendukung RUU Anti Porno Grafi dan Porno Aksi agar segera di sahkan, Gus dur justru bahu membahu dengan pendukung gereja yang mendukung pembatalan RUU Anti Porno Grafi dan Porno Aksi.
Gus dur hadir di dalam sebuah Misa di stadion Utama Senayan dan terlibat langsung di dalam kegiatan ritual yang dilakukan oleh umat kristen pada waktu itu, yang mana pada waktu itu di podium Gus Dur menyatakan mendukung tuntutan gereja tentang penolakan:
1. Penerapan Undang-undang Sisdiknas yang mewajibkan bagi semua siswa mendapatkan pelajaran agama sesuai dengan agamanya, yang mana gereja menentang pemberian pelajaran agama islam di sekolah kristen.
2. Penerapan Piagam Jakarta, yang pada intinya menerapkan syariah islam di indonesia.
3. Gus dur menolak campur tangan negera dalam kegiatan keagamaan di indonesia yang mana gereja sejak dahulu menentang campur tangan negara dalam mengatur kegiatan keagamaan